Il grave infortunio al legamento crociato anteriore del ginocchio non compromise il riscatto del suo cartellino da parte del Catania. Era il 28 giugno 2010, Giovanni Marchese diede addio al Chievo Verona per trasferirsi in Sicilia a titolo definitivo. In cambio gli etnei cedettero Gennaro Sardo. Il Catania veleggiava in Serie A e fu il momento più importante della carriera del calciatore di Delia che, di lì a poco, evidenziò progressi tali da rivelarsi uno dei terzini più interessanti del massimo campionato italiano.
A gennaio 2017, archiviata l’esperienza tra le fila del Genoa, Marchese non ebbe esitazione alcuna a rispondere affermativamente alla chiamata del Catania. Fece ritorno ai piedi dell’Etna nonostante la militanza dell’Elefante in Lega Pro, fino ad arrivare al momento in cui appese gli scarpini al chiodo ripartendo dalla guida della Primavera rossazzurra, con risultati lusinghieri. Poi, breve esperienza ad Acireale (Serie D) ed è l’attuale allenatore della Nazionale Siciliana.
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