Alla ricerca della panchina giusta per riemergere. Dopo i successi ottenuti da calciatore in Italia ed Europa vestendo le maglie di Lazio e Milan, Giuseppe Pancaro non è riuscito a decollare da quando ha deciso d’intraprendere la carriera di allenatore. Dapprima come vice di Dario Marcolin a Modena, terminando il rapporto con la società emiliana il 20 marzo 2013, poi alla guida della Juve Stabia il 4 giugno 2014 venendo esonerato con la squadra terza in classifica nel Girone C di Lega Pro.
Il 16 luglio seguente diventò il nuovo allenatore del Catania, militante in Serie C, partendo con 9 punti di penalizzazione. Esperienza, però, durata pochi mesi: l’1 marzo 2016, infatti, altro esonero in seguito alla sconfitta contro la Casertana (0-1), con la squadra rossazzurra in zona playout. Non andò bene neanche l’avventura di Catanzaro, il 6 marzo 2018, subentrando al dimissionario Davide Dionigi. Al termine della stagione lasciò la squadra calabrese.
L’anno successivo, dodicesimo posto alla guida della Pistoiese (campionato interrotto a causa della pandemia di COVID-19). Infine, dopo due anni di inattività, il 21 ottobre 2022 venne nominato nuovo tecnico del Monopoli, ma ecco ancora un esonero risalente a poco più di un mese fa, 19 marzo 2023, facendo i conti con numerosi infortuni che non lo hanno aiutato nel corso della gestione biancoverde.
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